< Virus
ما هو البديل من فيروس السارس-كوف-٢ التاجي ?
تم تحديث النص 2021-01-14
وهناك نوع من الفيروس التاجي هو سلالة فيروسية تتميز بوجود تسلسل معين داخل مادته الوراثية. عندما يصبح البديل الجديد هو السائد ، وعادة ما يعطي الباحثون اسمًا لتعيينه.
والمتغير هو مصطلح يستخدم لوصف شكل من أشكال SARS-CoV-2 يحتوي على حرف محدد أو أكثر على مواقع معينة في تسلسل جينومه ويختلف عن الشكل الأولي ولكنه ليس كافياً بحيث يمكن الإشارة إلى فيروس كورونا آخر. في بداية الوباء في ديسمبر 2019، كان هناك عدد قليل جداً فيروس السارس-كوف-٢ التاجي الجينوم مأخوذ من المرضى الأوائل في ووهان كانت كلها متطابقة مع بعض الحروف. (راجع السؤال ما هو طفرة لل فيروس السارس-كوف-٢ التاجي ?). وهناك الآن عدة آلاف من المتغيرات من السارس-CoV-2 التي يمكن تجميعها في خطوط الطفرات. بعض المتغيرات أكثر شيوعا من غيرها. وقد اقترحت أنظمة التسميات لتسمية هذه السطور.
كيف يمكنك الكشف عن المتغيرات المختلفة؟
للكشف عن المتغيرات ، والفيروسات التاجية التي اتخذت من المرضى الذين يعانون من الكوفيد-١٩ ، أي تحديد تسلسل حروف معينة في جينومها، ثم مقارنة تسلسل الجينوم بينها من أجل إعادة بناء في أي ترتيب ومتى ظهرت الطفرات (انظر السؤال عن المتغيرات البارزة، ما هي مختلفة فيروس السارس-كوف-٢ التاجي التي اشتعلت العين؟). حذار من تأثير العدسة المكبرة: اعتمادا على البلد، يتم التسلسل بطريقة مختلفة. بعض البلدان، مثل المملكة المتحدة أو الدنمارك، أخذ عينات من ما يقرب من 10٪ من المرضى المصابين، وبالتالي هم أكثر عرضة لاكتشاف المتغيرات من البلدان الأخرى مثل فرنسا التي تستخدم تسلسل القليل جدا (فقط 0.1٪ من العينات هي تسلسل في فرنسا) (انظر السؤال على متغير VoC 202012/01، وتسمى أيضا B1.1.7، ماذا نعرف عن البريطاني؟البديل). ولذلك فإن اكتشاف البديل يعتمد على وجود البديل ولكن أيضا على أبحاثه!
المصادر
في بداية الوباء في ديسمبر 2019، كانت الجينومات التي تم جمعها من المرضى الأوائل في ووهان مطابقة لبعض الرسائل. اعتبارا من أبريل 2020، كان هناك متوسط 9.6 الطفرات بين اثنين فيروس السارس-كوف-٢ التاجي اتخذت عشوائيا من كل تلك المتاحة. وهذا يدل على أن الوباء بدأ من فيروس أولي يقابل تسلسل واحد ثم أن الطفرات تراكمت مع مرور الوقت في مختلف الفروع.
فان دورب، L.، Acman، M.، ريتشارد، D.، شو، L. P.، فورد، C. E.، أورموند، L.، ... - بالو، F. (2020). ظهور التنوع الجينومي والطفرات المتكررة في السارس-CoV-2. العدوى وعلم الوراثة والتطور، 104351.وقد حدد تحليل في يوليو 2020 لـ 10022 جينوم سارس-CoV-2 من مرضى من 68 دولة 5775 متغيراً. وكانت المتغيرات الثلاثة الأكثر شيوعًا هي: 3037C > T (طفرة مرادفة لا تغير البروتين ، 6334 عينة) ، P4715L (الطفرة التي تغير البروتين 1ab ، 6319 عينات) و D614G (طفرة تؤثر على بروتين سبايك ، 6294 عينة). تم تحديد ستة من الكالبوسات الرئيسية: الكسوة القاعدية التي تسببت في أول الحالات المكتشفة من الكوفيد-١٩ ، D614G، L84S، L3606F، D448del وG392D. الـ(كلجات) هي مجموعة من المتغيرات. ويشار إليها أيضاً على أنها نسب لوصف مجموعة من المتغيرات. أصبح D614G clade البديل الأكثر شيوعًا منذ ديسمبر 2019.
كوياما، تي، بلات، د. ، باريدا، ل. (2020). تحليل متغير للجينوم SARS-CoV-2. نشرة منظمة الصحة العالمية، 98(7)، 495.والدول التي نشرت أكثر تسلسلات سارس-CoV-2 هي المملكة المتحدة (38.9% من مجموع التسلسلات) والولايات المتحدة (22.7% من جميع التسلسلات).
فروس، Y. (2020). جهد التسلسل الجينومي للسارس -CoV-2 حسب البلد خلال الجائحة. المجلة الدولية للأمراض المعدية.ولا توجد حاليا طريقة متفق عليها دوليا لتسمية مختلف المتغيرات من السارس - 2 . تقدم هذه المقالة تسمية عقلانية وديناميكية تستخدم إطار عمل فيلوجينتيك لتحديد الخطوط التي تساهم أكثر في الانتشار النشط للفيروس التاجي.
رامبوت، أ. ، هولمز ، E.C ، O'Toole ، V.، McCrone ، J. T.، رويس ، C.، ... Pybus، O. G. (2020). اقتراح تسمية ديناميكي للنسل بالسارس-CoV-2 للمساعدة في علم الأوبئة الجينومية. طبيعة علم الأحياء الدقيقة، 5 (11)، 1403-1407.